Су-39 - экспортная версия модернизированного турбореактивного двухмоторного одноместного ударного самолёта Су-25ТМ. Штатное встроенное вооружение самолёта представлено 30-мм двуствольной пушкой ГШ-30-2. В качестве подвесного вооружения могут быть использованы различные варианты, в том числе: до двух управляемых ракет “воздух-воздух” Р-60М, до двух управляемых ракет “воздух-поверхность” Х-29Л/Т, до четырех Х-25МЛ или до шестнадцати 9К127 Вихрь, неуправляемые ракеты С-24Б, С-130Ф, С-8КО и С25 в различных модификациях, зажигательные баки ЗБ-500, корректируемые бомбы КАБ-500Кр а также бомбы калибров 100, 250 и 500 кг и штурмовые бомбы калибров 250 и 500 кг. Дополнительно, Су-39 может нести до четырех подвесных пушечных контейнеров с 23-мм пушками ГШ-23Л. Также, возможна установка контейнера низкоуровневой телевизионной обзорно-прицельной станцией "Меркурий" позволяющей применять вооружение как в дневное так и ночное время суток, но с ограничением по дальности, или контейнера с РЛС “Копье-25”. В качестве меры противодействия радиолокационным системам наведения, Су-39 оснащен ложными тепловыми целями и дипольными отражателями.